Na konci Egypta Laře Natla a její kumpáni ukradnou všechny tři části Scionu i její zbraně. Nezbývá, než se potají vplížit na jejich loď a následovat je do jejich cíle - Atlantidy.
Stejně jako Egypt, i Atlantida nabízí celkem 3 levely - Natla's Mines, Atlantis a The Great Pyramid.
Natla's Mines
První level Atlantidy. Krom soubojů s pár nepřáteli a nalezení klíče pro postup dál musí Lara najít především své zbraně - bez nich by totiž pokračovat nemohla. Se zbraněmi v rukách se pak postaví třem z Natliných kumpánů.
Počet secretů: 3
Atlantis
Lara se musí dostat až na vrchol pyramidy. V cestě jí ale stojí pasti, několik Natliných mutantů a jedno (ne)milé překvapení :) Na samém vrcholu ale objeví Scion a překazí Natle její plány.
Počet secretů: 3
The Great Pyramid
Finální level Atlantidy i celé hry. Lara musí porazitobřího mutanta a vrátit se zpět na vrchol obří místnosti, aby mohla zničit Scion. Následuje ještě jeden finální souboj, a pak už si můžete vychutnat dobrý pocit ze záchrany světa a dokončení hry.
Počet secretů: 3
